Mit einer reichen Vergangenheit war Rouen zwischen 911 und 1204 die Haupstadt des Herzogtums Normandie und beherbergte das Finanzministerium, das 1515 zum Parlament der Normandie wurde. Letzteres fand im heutigen Justizpalast statt, einem der symbolträchtigsten Monumente von Rouen.
Ab dem 13. Jahrhundert erlebte sie eine bemerkenswerte wirtschaftliche Expansion, insbesondere dank des See- und Flusshandels, der in der von der Seine durchquerten Stadt Vorteile fand.
Während des gesamten Hundertjährigen Krieges war sie sowohl von der Franzosen als auch von den Engländern umstritten, wurde Jeanne d'Arc auf ihrem Boden vorübergehend eingekerkert, vor Gericht gestellt und dann am 30. Mai 1431 lebendig verbrannt.
Von der Bombardierungswelle 1944 schwer getroffen, gewann es in der Nachkriegszeit dank seines grossen Seehafens, dem fünftgrössten Frankreichs, und der dort angesiedelten Industrieanlagen dennoch eine gewisse Dynamik zurück.